宝应中学清华北大班在不同阶段考试科目有所不同：
高一分班时：一般考试科目为语文、数学、英语、物理和化学五科。也可能涉及其他科目如政治、历史等的考查，主要目的是全面了解学生的知识水平，筛选出成绩优异的学生进入类似清北班的重点班级。
高三备考阶段
高考科目：包括语文、数学、外语这三门必考科目。选考科目根据学生所选的学科组合而定，若选物理方向，可能还会有物理以及在化学、生物、政治、地理中选考的两门；若选历史方向，则有历史以及在化学、生物、政治、地理中选考的两门。
强基计划等特殊考试：可能会有额外的学科测试，类似清北强基计划笔试等。如北京大学强基计划笔试考数学、语文；清华大学强基计划笔试理科类考数学与逻辑、理科基础（物化综合）、学科探究（科学素养），文科类考数学与逻辑、文科基础（文史综合）、学科探究（人文素养）。